Apemsa aplica dos tarifas en sus facturas: la tarifa de abastecimiento y la tarifa de saneamiento. Cada una de ellas se compone de un término fijo o cuota de servicio, establecido en función del calibre del contador contratado por el usuario, y por un término denominado cuota de consumo en Abastecimiento y cuota de vertido en Saneamiento, que es proporcional al volumen consumido. Además, Apemsa recauda para el Ayuntamiento la tasa por recogida de residuos sólidos urbanos.

Otro concepto facturable es la cuota de trasvase, canon que se repercute a los usuarios beneficiados por el trasvase de los ríos Guadiaro al Majaceite. La base de percepción es variable en función del volumen de agua consumida.
 
Además, recoge el canon de mejora local, un concepto transitorio autorizado para financiar las obras recogidas en el Plan de Abastecimiento y Saneamiento Integrales y en el Plan Especial de Infraestructura de Saneamiento y Abastecimiento de El Puerto de Santa María. Este canon consta de una cuota fija para los consumos no industriales y de una cuota variable tanto para los consumos industriales como para los consumos no industriales que superen 30m3/mes.
 
Finalmente, la Junta de Andalucía, para la recuperación de los costes derivados de las instalaciones de depuración, aplica un canon de mejora de infraestructuras hidráulicas de depuración de interés de la comunidad autónoma andaluza sobre la utilización del agua de uso urbano. Este canon tiene carácter progresivo en los usos domésticos, partiendo de un mínimo exento por vivienda de 2 m3. Para uso doméstico, dicho canon consta de una cuota fija y de una cuota variable, que resulta de aplicar a la base, deducido el mínimo exento, la tarifa progresiva por tramos de consumo. Para uso industrial, el canon se calcula a partir de una cuota variable que resulta de aplicar la tarifa aprobada a los metros cúbicos consumidos.